Шаталкин А.И. 1968. Коэффициенты сходства в количественной таксономии // Научные доклады высшей школы. Биологические науки. № 7. С.124–133.

Ковалев В.Г., Шаталкин А.И. 1969. Некоторые аспекты таксономического анализа // Журнал общей биологии. Т.31. № 5. С. 556–560.

Ковалев В.Г., Тамарин П.В., Шаталкин А.И. 1974. Таксономический анализ Е.С.Смирнова как средство изучения естественной системы // Журнал общей биологии. Т.35. № 2. С.251–262.

Шаталкин А.И. 1975. Таксономический анализ мух-журчалок (Diptera, Syrphidae). 1 // Энтомологическое обозрение. Т.54. № 1. С.164–175.

Шаталкин А.И. 1975. Таксономический анализ мух-журчалок (Diptera, Syrphidae). 2 // Энтомологическое обозрение. Т.54. № 4. С. 889–909.

Шаталкин А.И. 1977. Некоторые особенности морфологической эволюции низших групп круглошовных мух (Cyclorrhapha, Diptera) // В книге: Городков К.Б. (ред.) Систематика и эволюция двукрылых насекомых. Л. ЗИН АНСССР. С. 111–114.

Шаталкин А.И. 1978. Теория систем и таксономия // Журнал общей биологии. Т.39. № 6. С.829–839.

Шаталкин А.И. 1979. Частные классификации в систематике двукрылых насекомых // В книге: Нарчук Э.П. (ред.) Экологические и морфологические основы систематики двукрылых насекомых. Л.: ЗИН АН СССР. С. 113–116.

Шаталкин А.И. 1980. Новые виды грибных мух (Diptera, Platypezidae) из Среднего Приамурья // Энтомологическое обозрение. Т.59. № 3. С. 660–665.

Шаталкин А.И. 1980. Три новых вида грибных мух (Diptera, Platypezidae) из Амурской области // Зоологический журнал. Т.59. Вып.11. С.1746–1748.

Шаталкин А.И. 1981. Новые виды грибных мух (Diptera, Platypezidae) фауны СССР // Бюллетень МОИП. Т. № 3. С. 57–61.

Шаталкин А.И. 1981. Claraeola crassula sp.n. (Pipunculidae) и Strongylophthalmyia raricornis sp. n. (Strongylophthalmyiidae) – своеобразные двукрылые с Дальнего Востока // Зоологический журнал. Т.60. Вып.5. С.1746–1748.

Шаталкин А.И. 1981. Грибные мухи (Diptera, Platypezidae) Зейского государственного заповедника и прилегающих территорий // В книге: Соколов Л.И., Шаталкин А.И. (ред.) Эколого-фаунистические исследования. М.: Изд-во МГУ. С. 8–26.

Шаталкин А.И. 1981. Интересные двукрылые семейства Odiniidae фауны СССР // В книге: Соколов Л.И., Шаталкин А.И. (ред.) Эколого-фаунистические исследования. М.: Изд-во МГУ. С. 39–45.

Шаталкин А.И. 1981. К морфофункциональной характеристике терминалий мух-журчалок (Diptera, Syrphidae) // Сборник трудов Зоологического музея МГУ. Т. 19. С. 98–116. Шаталкин А.И. 1981. Сходство и связанные с ним понятия в таксономии // Сборник трудов Зоологического музея МГУ. Т. 19. С. 117–146.

Шаталкин А.И. 1982. Новые виды грибных мух (Diptera, Platypezidae) из Сибири и Дальнего Востока // В книге: Черепанов А.И. (ред.) Гельминты, клещи и насекомые. Новосибирск. С. 69–75.

Шаталкин А.И. 1983. Новые виды мух сем. Psilidae с Дальнего Востока // Энтомологическое обозрение. Т. 61. № 2. С. 360–366.

Шаталкин А.И. 1983. К вопросу о таксономическом виде // Журнал общей биологии. Т.44. № 2. С.172–186. Шаталкин А.И. 1983. Методологические аспекты применения математических методов в систематике // В книге: Теория и методология биологических классификаций. М.: Наука. С. 46–55.

Шаталкин А.И. 1984. Эволюционный вид как система индивидуальной природы // Журнал общей биологии. Т.45. № 3. С.291–305.

Шаталкин А.И. 1985. Обзор грибных мух (Diptera, Platypezidae) фауны СССР // Сборник трудов Зоологического музея МГУ. Т. 23. С. 69–136.

Шаталкин А.И. 1986. Современное развитие филогенетической систематики В.Хеннига // Журнал общей биологии. Т.47. № 1. С. 13–27.

Шаталкин А.И. 1986. Концепции монофилии в систематике // Журнал общей биологии. Т.47. № 5. С. 579–591.

Шаталкин А.И., 1986. Обзор восточнопалеарктических мух рода Psila Mg. (Diptera, Psilidae) с определительной таблицей палеарктических видов // Труды Зоологического ин-та АН СССР. Т. 146. С. 23–43.

Шаталкин А.И. 1988. Биологическая систематика. М: изд-во МГУ. 184 с.

Шаталкин А.И. 1989. К систематике палеарктических мух семейства Psilidae (Diptera) // Сборник трудов Зоологического музея МГУ. Т. 27. С. 88–113.

Шаталкин А.И. 1990. Сходство и классификация // Журнал общей биологии. Т.51. № 3. С. 610–618.

Шаталкин А.И. 1990. Сходство и гомология // Журнал общей биологии. Т.51. № 6. С.841–849.

Шаталкин А.И. 1991. Sobarocephaloides alini sp.n. (Diptera, Clusiidae) — новый вид мух-клюзиид из Бразилии со своеобразными щечными выростами у самцов // Энтомологическое обозрение. Т. 70. № 4. С. 928–930.

Шаталкин А.И. 1991. Кладограммы и градограммы в систематике // Журнал общей биологии. Т.52. № 1. С.55–67.

Шаталкин А.И. 1991. Кладистика и эволюционная систематика: точки расхождения // Журнал общей биологии. Т.52. № 4. С.584–597.

Шаталкин А.И., 1992. Новые виды лауксаниид (Diptera, Lauxaniidae) из Приамурья и Дальнего Востока // Зоологический журнал. Т.71. Вып. 9. С. 79–87.

Shatalkin A.I. 1992. New and little-known Palaearctic Diptera of the families Platypezidae, Psilidae, and Lauxaniidae // Russian Entomological Journal. Vol. 1. No. 2. P. 59–74.

Шаталкин А.И. 1993. Аристотель и систематика. К вопросу об основаниях типологии // Журнал общей биологии. Т.54. № 2. С.243–252.

Шаталкин А.И. 1993. Анализ сестринских отношений в гребенчатых кладограммах // Журнал общей биологии. Т.54. № 6. С.667–681.

Шаталкин А.И. 1993. К систематике мух семейства Strongylophthalmyiidae (Diptera) // Зоологический журнал. Т.72. Вып.10. С.124–131.

Shatalkin A.I. 1993. New species of Lauxaniidae (Diptera) // Russian Entomological Journal. Vol. 2.No. 3–4. P. 105–118.

Шаталкин А.И. Типологический подход в систематике // Журнал общей биологии. 1994. Т. 55. № 6. С. 661–672. Шаталкин А.И. 1995.Палеарктические виды рода Homoneura (Diptera, Lauxaniidae) // Зоологический журнал. Т.74. Вып.11. С.54–67. Шаталкин А.И. 1995. Иерархии в систематике. Теоретико-множественная модель // Журнал общей биологии. Т.56. № 3. С.277–290.

Shatalkin A.I. 1995. Palaearctic species of Pseudopomyzidae (Diptera). // Russian Entomological Journal. 1995(1994). Vol.3. P. 129–145.

Shatalkin A.I. 1995. New and little known species of flies of Lauxaniidae and Strongylophthalmyiidae (Diptera) // Russian Entomological Journal. Vol.4. No. 1–4. P. 145–157.

Шаталкин А.И. 1996. Эссенциализм и типология // Современная систематика. Методологические аспекты. М.: Изд-во МГУ. С.123–154.

Шаталкин А.И. 1996. Новые виды мух рода Psila (Diptera, Psilidae) фауны России // Зоологический журнал. Т.75. Вып.6. С.880–885.

Шаталкин А.И. 1996. Категория царства в системе организмов // Успехи современной биологии. Т.116. Вып.1. С.5–18

Шаталкин А.И. 1997. Классификация и филогения. Предикативное и генеалогическое понимание систематической группы // Успехи современной биологии. Т.117. Вып.1. С.5–17.

Shatalkin A.I. 1997. East-Asian species of Lauxaniidae (Diptera). Genera Trigonometopus Mcq., Protrigonometopus Hendel. // International Journal Dipterological Researches. Vol. 8, No.3. P. 163–168.

Шаталкин А.И. 1998. Вертикальные классификации и проблема дивергенции в систематике // Успехи современной биологии. Т. 118. Вып.4. С.389–401.

Шаталкин А.И. 1998. Палеарктические виды мух рода Minettia (Diptera, Lauxaniidae) // Зоологический журнал. Т.77. Вып.7. С.809–817.

Shatalkin A.I. 1998 (1997). Review of the Asian species of Chyliza Fallen (Diptera, Psilidae). Russian Entomological Journal, Vol. 6, No.1–2. P. 89–111.

Shatalkin A.I. 1998 (1997). Asian species of Loxocera Meigen (Diptera, Psilidae) // Russian Entomological Journal. Vol. 6, No. 3–4. P. 87–97.

Shatalkin A.I. 1998. The genitalia of Platypezidae and the origin of Cyclorrhapha // Fourth International Congress of Dipterology. Oxford. P. 202.

Shatalkin A.I. 1998. A phylogenetic summary of Psilidae based on the male genitalia // Fourth International Congress of Dipterology. Oxford. P. 203.

Chandler P.J., Shatalkin A.I. 1998. Family Platypezidae // Contribution to a Manual of Palaearctic Diptera. V.3. Higher Brachycera. Science Herald, Budapest. P. 27–49.

McAlpine D., Shatalkin A.I. 1998. Family Pseudopomyzidae // Contribution to a Manual of Palaearctic Diptera. Vol.3. Higher Brachycera. Science Herald, Budapest. P. 155–163.

Papp L., Shatalkin A.I. 1998. Family Lauxaniidae // Contribution to a Manual of Palaearctic Diptera. Vol.3. Higher Brachycera. Science Herald, Budapest. P. 383–400.

Shatalkin A.I. 1999. New species of Lauxaniidae (Diptera) from Japan and China // Russian Entomological Journal (1998). Vol. 7. No. 1–2. P. 59–62.

Shatalkin A.I. 1999. New and little-known Lauxaniidae (Diptera) from Asia // Russian Entomological Journal (1998). Vol. 7. No. 3–4. P. 209–218.

Шаталкин А.И. 1999. Семантическая структура таксономических имен // Журнал общей биологии. Т. 60. № 2. С.150–163.

Шаталкин А.И. 1999. 58. Сем. Opetiidae // Определитель насекомых Дальнего Востока России. Т.6. Ч.1. C.328.

Шаталкин А.И. 1999. 59. Сем. Platypezidae // Определитель насекомых Дальнего Востока России. Т.6. Ч.1. С.329–341.

Шаталкин А.И. 1999. 70. Сем. Psilidae // Определитель насекомых Дальнего Востока России. Т.6. Ч.1. С.515–523.

Шаталкин А.И. 1999. 81. Сем. Lauxaniidae // Определитель насекомых Дальнего Востока России. Т.6. Ч.1. С.537–553.

Shatalkin A.I. 1999. New species of Lauxaniidae (Diptera) from Japan and China // Russian Entomological Journal. (1998). Vol. 7. No. 1–2. P. 59–62.

Shatalkin A.I. 1999. New and little-known Lauxaniidae (Diptera) from Asia // Russian Entomological Journal. (1998). Vol. 7. No. 3–4. P. 209–218.

Шаталкин А.И. 2000. Определитель палеарктических мух семейства Lauxaniidae // Zoologicheskie Issledovania. № 5. 102 с.

Shatalkin A.I. 2000. New Oriental and Palaearctic species of Psila Meigen, 1803 (Diptera, Psilidae) // Russian Entomological Journal. Vol. 9. No. 2. P. 157–160.

Shatalkin A.I. 2000. 5.3.45. Strongylophthalmyiidae. In: Die historische Dipteren-Sammlung Carl Friedrich Ketel // Nova Supplementa Entomologica. Bd. 14. [1–268]. S. 112.

Shatalkin A.I. 2000. 5.3.46. Psilidae. In Die historische Dipteren-Sammlung Carl Friedrich Ketel // Nova Supplementa Entomologica. Bd. 14. [1–268]. S. 113–114.

Shatalkin A.I. 2002 (2001). Afrotropical Psilidae (Diptera). 1. Genera Belobackenbardia gen.n. and Psila Meigen, 1803 // Russian Entomological Journal. Vol. 10, No.4. P. 417–424.

Шаталкин А.И. 2002. Проблема архетипа и современная биология // Журнал общей биологии. Т. 63. № 4. С. 275–291.