И.Я. Павлинов. Введение в современную филогенетику (кладогенетический аспект). М.: изд-во КМК, 2005. — 391 с. 51 илл. Библ. 132.

 

Первый в отечественной литературе обзор теоретических оснований, принципов, понятий, методов и приложений современной филогенетики (гл. обр. её кладогенетического аспекта). Даны представления об элементах научной эпистемологии, составляющих основу познавательной деятельности в филогенетике: взаимосвязь онтологии и эпистемологии, познавательные ситуации, основные схемы аргументации, базовые принципы (познаваемости, рациональности, экономии, общей причины и нек-рые др.). Кратко изложена история формирования филогенетики, охарактеризованы её основные современные школы. Рассмотрены онтологические и эпистемологические предпосылки самой филогенетики: охарактеризованы лежащие в её основе эволюционные модели, описана структура филогенеза и филогенетического паттерна, дано представление о ключевых метафорах филогенетики (филогенетическое дерево, филогенетический сигнал и др.). Изложены её базовые методологические принципы: соответствия, неопределённости, филогенетического единства и нек-рые др. Подробно обсуждаются основные концепции и понятия филогенетики: сходство, родство, гомология, признак, взвешивание и др. Охарактеризованы структура и содержание филогенетической гипотезы. Рассмотрены методологические проблемы, связанные с фактологическими основаниями филогенетики; связь между методологиями и частными методами кладистических реконструкций. Представлена общая схема кладогенетического исследования, от формулирования начальных условий до тестирования итоговой кладистической гипотезы. Кратко рассмотрены основные алгоритмы и методы нумерической филетики: даны представления о количественные мерах филогенетической близости, современных методах построения филогенетических деревьев (совместимости, экономии, наибольшего правдоподобия и др.). Обсуждаются основные принципы перехода от кладистической к более содержательной филогенетической гипотезе. Рассмотрен вклад «новой» филогенетики в современную систематику. Показано значение кладогенетических реконструкций в исследованиях по исторической биогеографии, коэволюции, экологии. Дан словарь понятий и терминов, используемых в современной филогенетике (ок. 360 названий).

Книга рассчитана на биологов и учёных других специальностей, интересующихся общими проблемами современной эволюционистики и филогенетики, студентов старших курсов и преподавателей биологических ВУЗов, специализирующихся в области эволюционной биологии и систематики.

 

Оглавление

 

Предисловие

 

Глава 1. Предмет, задачи и структура филогенетики

 

Часть I. Филогенетика как наука

 

Глава 2. Элементы научной эпистемологии

2.1. Номотетика и идиографика

2.1.1. Познавательные ситуации

2.1.2. Исследовательские программы и стили мышления

2.1.3. Основные схемы аргументации

2.1.4. Научный плюрализм

2.1.5. Между фактом и теорией

2.2. Принципы общего значения

2.2.1. Принцип познаваемости

2.2.2. Принцип рациональности

2.2.3. Принцип экономии

2.2.4. Принцип моделирования

2.2.5. Принцип общей причины

2.2.6. Принцип системности

 

Глава 3. Пути развития филогенетики

3.1. Предыстория: в поисках Естественной системы

3.2. Трансформизм, эволюционизм, филогенетика

3.3. Классическая филогенетика

3.4. Филистика

3.5. «Новая» филогенетика

3.5.1. Кладистика

3.5.2. Генофилетика

3.5.3. Нумерическая филетика

3.5.4. Школы «новой» филогенетики

 

Глава 4. Основания филогенетики

4.1. Онтологические основания

4.1.1. Эволюционные модели

4.1.2. Структура филогенеза

4.1.2.1. Временная составляющая

4.1.2.2. Кладогенез, семогенез, анагенез

4.1.3. Филогенетический паттерн

4.2. Метафоры филогенетики

4.2.1. Филогенетическое дерево

4.2.1.1. Некоторые формализации

4.2.2. Спираль развития

4.2.3. Филогенетический сигнал

4.2.4. Эволюционный конус

4.3. Частные принципы филогенетики

4.3.1. Принципы соответствия

4.3.2. Принципы неопределённости

4.3.3. Принцип филогенетического единства

4.3.3.1. Принцип монофилии

4.3.3.2. Принцип унаследованного сходства

4.3.4. Принцип подстановки

4.3.5. Принцип дихотомии

 

Глава 5. Основные концепции и понятия филогенетики

5.1. Базовая модель кладогенетики

5.2. Родство и связанные с ним понятия

5.2.1. Трактовки родства

5.2.2. Концепция предка

5.2.3. «N-филия». Филогенетические группы

5.2.4. Основания для суждения о родстве

5.3. Гомология

5.3.1. Концепции гомологии

5.3.2. Критерии гомологии

5.4. Признак

5.4.1. Исходные формализации

5.4.2. Кладистический признак

5.5. Сходство

5.5.1. Некоторые свойства сходства

5.5.2. Категории сходства

5.5.3. Синапоморфия и симплезиоморфия

5.6. Взвешивание

5.6.1. Основные принципы

5.6.2. Взвешивание признаков

5.6.3. Взвешивание сходства

5.7. Филогенетическая гипотеза

 

ЧАСТЬ I I. Реконструкции кладогенезов

 

Глава 6. Фактология кладогенетики

6.1. Сравнительные данные

6.1.1. Морфология

6.1.2. Палеонтология

6.1.3. Эмбриология

6.1.4. Молекулярная биология

6.1.5. Другие категории сравнительных данных

6.2. Экспериментальные данные

6.3. Комбинирование данных

6.4. Систематические коллекции

 

Глава 7. Методологии и методы

7.1. Критерии состоятельности методов

7.2. Общая классификация методов филогенетики

7.3. Сравнительно-исторический метод

 

Глава 8. Общая схема кладогенетического исследования

8.1. Начальные условия

8.2. Формирование выборки

8.3. Анализ признаков

8.4. Построение филогенетических деревьев

8.5. Тестирование кладистической гипотезы

 

Глава 9. Современные методы построения филогенетических деревьев

9.1. Качественные и количественные методы

9.2. Количественные меры филогенетической близости

9.3. Критерии оптимальности деревьев

9.4. Основные алгоритмы нумерической филетики

9.4.1. Дистантные методы

9.4.2. Методы совместимости

9.4.3. Методы парсимонии

9.4.4. Методы наибольшего правдоподобия

9.4.5. Обобщённые деревья

9.4.6. Вероятностные оценки деревьев

9.4.7. Компьютерное моделирование

9.5. Основные компьютерные программы

 

ЧАСТЬ I I I. ПРИЛОЖЕНИЯ КЛАДОГЕНЕТИКИ

 

Глава 10. От кладогенеза к филогенезу

 

Глава 11. Кладогенетика и семогенетика

11.1. Реконструкции семогенезов

11.1.1. Прямая схема

11.1.2. Непрямая схема

11.2. Выявление кладогенетического сигнала

 

Глава 12. Кладогенетика и систематика

 

Глава 13. Кладогенетика и историческая биогеография

13.1. Основные модели

13.2. Основные методы

 

Глава 14. Кладогенетика и коэволюция

 

Заключение

 

Словарь основных терминов

 

Литература