Ихтиологическая коллекция Зоологического музея представляет собой обширное собрание, в котором широко представлена ихтиофауна значительной части пресноводных водоемов и внутренних морей России и стран СНГ, а также акватории Мирового Океана. Менее полно представлена ихтиофауна континентальных водоемов других стран, особенно Южной Америки и Африки, однако и из этих регионов в настоящее время благодаря усилиям отечественных специалистов поступление материалов увеличилось.

В настоящее время в коллекции сектора ихтиологии зарегистрировано примерно 21000 единиц хранения. Каждая единица хранения представляет выборку от одного до нескольких экземпляров одного вида, собранных единовременно в одном месте. Коллекция отличается значительным таксономическим разнообразием. В ней представлено более 4000 видов, относящихся к 56 отрядам и более чем 400 семействам мировой ихтиофауны. Однако отдельные группы представлены с разной степенью полноты.

Кураторы коллекции
Основная часть научных фондов сектора курируются заведующей сектором — Екатериной Денисовной Васильевой (тел. 629-49-06), коллекции глубоководных трескообразных и офидииформных рыб курируются сотрудником ИО РАН Юрием Николаевичем Щербачевым (тел. 129–20–18).