Коллекции сектора орнитологии
В начале XXI в. орнитологическая коллекция Зоомузея МГУ состояла из 136 000 тушек птиц, более 10 000 кладок яиц (в основном с гнёздами), более 3600 экземпляров заспиртованных птиц и их частей, более 1800 скелетов, более 26 000 проб тканей для генетических исследований. С 2000-х гг. одно крыло изготавливаемых тушек птиц стали высушивать и сохранять отдельно в расправленном виде. К настоящему моменту таких крыльев около 10 000.
В музее отсутствуют ископаемые остатки птиц, эти материалы скапливаются в Палеонтологическом институте РАН.
В нашей стране по числу птиц, хранящихся в фондах, Зоологический музей уступает только Зоологическому институту РАН (г. Санкт-Петербург). Собрание кладок яиц и гнёзд птиц — самое крупное среди стран Восточной Европы и Северной Азии, а в части, касающейся северо-востока Палеарктики — самое представительное в мире.
Специфику коллекционирования птиц определяют две особенности. Первая заключается в том, что орнитология (в частности, до недавнего времени коллекционирование птиц и их яиц) — один из немногих разделов зоологии, развитие которого в значительной мере определялось любителями: птицы привлекали их возможностью частых встреч в повседневной жизни, своим пением и яркой окраской оперения. Это служило немаловажным стимулом к составлению частных коллекций птиц и к их изучению. Коллекционеры-любители, собирая шкурки птиц и передавая их в музей, нередко со временем сами становились профессиональными учёными.
Второй важной особенностью, определяющей специфику коллекционирования птиц, оказалась трудоёмкость препаровки шкурок для их длительного хранения. Нужно аккуратно снять шкурку, обезжирить её, очистить от крови и грязи, натянуть на муляж тела птицы, уложить оперение, высушить. На всё это, даже при большом опыте, уходит достаточно много времени. В результате за день препаратор может сделать лишь небольшое число научных коллекционных шкурок птиц, называемых тушками. Изготовление же чучел, поставленных в определённых естественных позах, идет несравнимо дольше. Поэтому рост музейных коллекций птиц никогда не мог достичь темпов коллекционирования большинства других групп животных, просто высушиваемых или помещаемых в растворы-фиксаторы. До сих пор не случалось ситуаций, когда птиц из какого-либо района собрано в музее достаточно много, чтобы можно было отказаться от предлагаемых кем-либо материалов. 
В последнее десятилетие значительную часть поступлений новых материалов в музей составляют птицы, найденные мёртвыми на автодорогах и разбившиеся о провода или стёкла строений. Таких птиц в немалом числе приносят жители Москвы, а изготовлением из них коллекционных материалов занимаются студенты и волонтёры. Подобные материалы имеют определённое научное значение, но должны быть документированы, т.е. иметь информацию о дате и месте находки.