Общественные организации
Герб России, выполненный из насекомых в 1842 г.; передан в музей Московским обществом испытателей природы
Это еще один источник поступлений, обогащающих музейные фонды. Можно сказать, что в эпоху Г.И. Фишера, а потом А.П. Богданова, созданные ими МОИП и ОЛЕАЭ сыграли важную роль в расширении и интенсификации сбора коллекций, депонированных в университетском музее.
Восстановлению деятельности Музея после пожара 1812 г. весьма способствовали пожертвования организованного Г.И. Фишером в 1805 г. Московского общества испытателей природы (МОИП), члены которого стали передавать в музей материалы сразу после изгнания Наполеона из Москвы. Более чем на полвека это общество стало важнейшим источником пополнения музейных коллекций. На его средства снаряжались экспедиции по нашей стране, а также в наиболее интересные в фаунистическом отношении районы планеты.
В 1832 г. Г.И. Фишер разработал проект организации в Москве Отечественного естественно-научного музея, основой которого должен был стать Зоологический музей Московского университета. Программа была утверждена на заседании МОИП, после которого сразу стали поступать пожертвования: почетный член МОИП отставной капитан А. Рюмин пожертвовал для размещения музея дом на Смоленском рынке и деньги на перевозку университетских коллекций. Когда дар был совершен, университетская администрация отобрала этот дом у музея. Аналогичная участь постигла и другой дар — дом коллектора и мецената Зосимы на Трех Горах, который также предназначался бывшим хозяином для Отечественного музея естественной истории. Ведомственный подход оказался выше здравого смысла, и в том же 1832 г. (очевидно в знак протеста) Г.И. Фишер подал в отставку.
Следующий заметный расцвет музейной деятельности приходится на годы заведования музеем профессора Анатолия Петровича Богданова. Он был назначен директором в 1863 г. и оставался на этом посту 33 года. Музей начинает организовывать экспедиции и командировки для пополнения коллекций, причем для их проведения Богданов умело привлекает средства меценатов, общественных организаций. Особая роль в пополнении коллекций принадлежала организованному А.П. Богдановым Обществу любителей естествознания, антропологии и этнографии (ОЛЕАЭ), членом которого мог стать любой желающий. При этом значительная часть меценатов считали для себя престижным материально поддерживать экспедиционную деятельность общества, становясь благодаря этому его почетными членами.
Из экспедиции по Средиземному морю были привезены значительные сборы ракообразных, губок и кишечнополостных, обследованы атлантическое побережье Европы, Соловецкие острова, Новая Земля и Мурманское побережье, острова Эгейского моря. Наиболее значительное поступление беспозвоночных было из экспедиции ОЛЕАЭ в Персидский залив, организованной на средства В.Д. Лепешкина в 1902 г. Туркестанская экспедиция ОЛЕАЭ под руководством А.П. Федченко собрала уникальные по объему и качественному составу коллекции в довольно обширном районе горной Средней Азии.
Среди членов Общества было много страстных коллекционеров и просто увлеченных людей. Независимо от собственной специализации и научных интересов, они принимали живейшее участие в пополнении фондов музея, собирая и доставляя подчас уникальный материал из собственных поездок. Одним из наиболее ценных поступлений в это время стало собрание животных, привезенное из кругосветного плавания на крейсере «Адмирал Нахимов». Это были млекопитающие и птицы, рептилии и амфибии, рыбы, множество беспозвоночных животных со всего света. Собирал его морской врач В.И. Исаев. В исследовании Средней Азии участвовали не только профессиональные зоологи, но и офицер П.А. Варенцов, редактор «Туркестанских ведомостей» Н.А. Маев, инженер Д.Д. Букинич. Помогали и достаточно именитые люди: граф Н.А. Бобринский проводил герпетологические сборы в Алжире, генерал Комаров переправил для музея ящериц из Мерва (ныне Мары), чрезвычайный посланник при Японском дворе К.В. Струве «хлопотал о приобретении для Московского музея и зоологического сада» двух экземпляров редких исполинских саламандр. На средства С.П. фон Дервиза был приобретен скелет гаттерии — чрезвычайно редкой рептилии.