В 1932 г. фондовые коллекции земноводных и пресмыкающихся были оформлены в качестве самостоятельного отдела герпетологии, который возглавил Н.В. Шибанов; до этого момента хранителем герпетологических коллекций наряду с другими коллекциями позвоночных животных был В.Г. Гептнер.

В 1941 г. вместе с другими сотрудниками музея Н.В. Шибанов эвакуировался в г. Ашхабад. По возвращении в Москву в 1943 г. был назначен заместителем декана Биологического факультета МГУ. По-видимому, в этот период Николай Владимирович уже не мог уделять коллекциям достаточно времени, и последние записи в книге поступлений, сделанные его рукой, относятся к 1941 г. С конца 1940-х и до начала 1950-х гг. в отделе работал студент И.С. Даревский (1924–2009), впоследствии известный учёный, открывший партеногенез у скальных ящериц в Армении. Он записывал в инвентарную книгу поступившие ранее в отдел материалы..

После 1946 г. отдел был фактически законсервирован до 1962 г., и после переезда Биолого-почвенного факультета МГУ на Ленинские горы хранителем отдела был назначен Р.Л. Бёме.

На протяжении 1962–1972 гг. В.Ф. Орлова была единственным сотрудником отдела герпетологии и до 1963 г. проводила экскурсии для посетителей музея. В 1963 г. она была переведена на должность заведующей отделом герпетологии и остается в этой должности до настоящего времени. В 1972–1987 гг. в отделе, кроме В.Ф. Орловой, работала Т.О. Александровская, а с 1987 г. её сменил Е.А. Дунаев.

Периодически лаборантскую работу выполняли последовательно менявшиеся с 1987 г. на ставке зоолога-таксидермиста: А.С. Афанасьев, К.Д. Рыбакова, Ю.М. Жбанова, А.В. Орлова, М.Л. Языджан.