1983-1991 гг. В 1982 г. в Москве был успешно проведён XVIII Международный орнитологический конгресс, в работе которого приняли участие около 1200 учёных из 50 стран. Конгресс стал катализатором давно созревшей идеи о создании научного общества среди орнитологов Советского Союза. Учредительный съезд Всесоюзного орнитологического общества – BOO (с 1992 г. – Мензбировское орнитологическое общество – МОО), состоялся 19 февраля 1983 г. в г. Москве. На него собралось 212 ведущих орнитологов со всего Советского Союза. Был принят Устав BOO и выбраны его руководящие органы. Президентом BOO стал В.Д. Ильичёв, вице-президентами — В.Р. Дольник, Е.Н. Курочкин, А.К. Рустамов, В.Е. Флинт, учёным секретарём — В.А. Зубакин. Избран Центральный совет общества – ЦС ВОО. Всесоюзное орнитологическое общество находилось в структуре Отделения общей биологии АН СССР. В годы своего расцвета (1983-1991 гг.) общество насчитывало до 2350 индивидуальных и 15 коллективных членов, которые были объединены в 30 региональных отделений. Под эгидой BOO организовались рабочие группы (РГ) по изучению отдельных групп птиц, которые со временем приобрели самостоятельность; это группы по: куликам (РГК), журавлям (РГЖ), гусеобразным (РГГ), дрофам, хищным птицам, врановым; и по отдельным проблемам орнитологии (например, по изучению колониальности у птиц, учётам птиц и др.). Обществом организовано и проведено более 45 конференций и совещаний по различным аспектам орнитологии, под эгидой BOO или его подразделений опубликовано около 50 монографий и научных сборников, периодически издавались информационные бюллетени. в том числе «Актуальные проблемы орнитологии» (1986) и «Современная орнитология» (1990, 1991, 1992, 1998). Общество занималось организацией и проведением «Мензбировских чтений», которые состоялись в Москве, Киеве, Ленинграде и дважды — в Туле, на родине Михаила Александровича Мензбира (1855-1935) –  выдающегося русского и советского зоолога и зоогеографа, основателя российской орнитологии, академика АН СССР. Немалых успехов достигло Общество в пропаганде орнитологических знаний и охране птиц. Так, Украинским отделением ВОО проводились т.н. «девизные годы» — научно-пропагандистские кампании по охране птиц (1987-й был объявлен годом белого аиста, 1988 - серого журавля, 1989 - орлана-белохвоста и т.д.). С 1988 г. проводились Всесоюзные конкурсы имени А.Н. Формозова на лучшие научно-популярные публикации по орнитологической тематике. Ежегодно, обычно в г. Пущино, собирались Пленумы ЦС BOO, на которых решались организационные вопросы и обсуждались научные доклады. BOO установило широкие международные связи с орнитологическими общественными организациями других стран, наладило с ними обмен литературой. ВОО было объединяющим центром для исследователей птиц в Советском Союзе, центром притяжения не только профессионалов, но и любителей. На Первом съезде ВОО, проходившем в 1986 г. в г. Ленинграде параллельно с 9-й Всесоюзной орнитологической научной конференцией был учреждён статус Почётного члена Общества, и тогда же этого звания удостоились 13 учёных.
1992-2000 гг. 11 февраля 1992 г., в связи с прекращением существования СССР, состоялся чрезвычайный расширенный Пленум ЦС ВОО, на котором было принято решение о переименовании Всесоюзного орнитологического общества в Мензбировское орнитологическое общество (МОО) при Российской академии наук (РАН). В 1993 г. юридический отдел РАН провёл перерегистрацию академических научных обществ, в том числе и Мензбировского, но в 1994 г. РАН перестала выделять дотации научным обществам, входившим в её состав. МОО фактически не имело возможности нормально функционировать, несмотря на то, что формально его организационная структура сохранялась в рамках Отделения общей биологии РАН. Руководство Общества оставалось в прежнем составе, избранном ещё в 1986 г. на съезде в г. Ленинграде. Продолжали свою деятельность рабочие группы и некоторые отделения (Уральское, Центрально-Чернозёмное, Московское – как Московское орнитологическое общество).

2001-2010 гг. В 2001 г. в г. Казани состоялась XI Международная конференция «Актуальные проблемы изучения и охраны птиц Восточной Европы и Северной Азии» (до этого в СССР за период с 1956 по 1990 гг. прошли 10 Всесоюзных орнитологических конференций), на которую после длительного перерыва собрались орнитологи из независимых государств – бывших союзных республик, а также некоторых стран Западной Европы. Это дало возможность созвать Второй съезд МОО. Принять участие в работе съезда мог любой член общества, кто по-прежнему считал себя таковым. На съезде зарегистрировалось 126 человек, в основном, учёные из России. Состоялись выборы нового руководства: президентом МОО стал Е.Н. Курочкин, вице-президентами – П.С. Томкович и Е.А. Коблик, учёным секретарём – В.В. Конторщиков, избран новый Центральный совет в количестве 18 человек. За последующий период периодически проводились Пленумы ЦС МОО (чаще в Москве). Был создан первый сайт МОО, выпущено 47 информационных бюллетеней, в основном электронных, и проведены ещё две крупные XII и XIII Международные орнитологические конференции Северной Евразии (2006 г. в Ставрополе, и 2010 г. в Оренбурге), изданы соответствующие тезисы и материалы. Во время Ставропольской конференции, на Третьем съезде Общества, в руководящий состав МОО был введён вице-президент – А.Ф. Ковшарь и обновлён ЦС МОО в составе 17 человек. На Оренбургской конференции и Четвёртом съезде в 2010 г. осуществлена перерегистрация членов МОО, которую прошли 111 человек; в Общество вступили ещё 63 орнитолога (в том числе 29 из Казахстана и 25 из соседних среднеазиатских стран). Там же на Четвёртом съезде переизбрано руководство: президентом МОО стал А.Ф. Ковшарь, вице-президентами – В.П. Белик, Г.С. Джамирзоев, М.В. Калякин; ЦС МОО был также переизбран (13 человек), должность учёного секретаря оставалась вакантной.
Современный период. После Оренбургской конференции и съезда (2010 г.) к существующим прежде отделениям МОО – Московскому, Северо-Кавказскому и Бурятскому, прибавились новые – Украинское (г.  Мелитополь), Казахстанское и Среднеазиатское отделения. В состав руководства была кооптирована новый учёный секретарь МОО – А.В. Белоусова. А.А. Лисовским создан новый сайт Общества. Продолжился выпуск электронных бюллетеней, стали издаваться Труды Мензбировского орнитологического общества (2011, 2013, 2017, 2018). Северо-Кавказским отделением на регулярной основе печатаются ежегодник «Кавказский орнитологический вестник» и журнал «Стрепет», а в Алматы в виде Трудов Казахстанского и Среднеазиатского региональных отделений МОО вышла серия «Орнитологический вестник Казахстана и Средней Азии» (2012, 2013, 2014, 2017). Там же в г. Алматы в 2015 г. была проведена XIV Международная конференция Северной Евразии, а вместе с ней Пятый съезд МОО. В его работе участвовали 103 человека. Президентом МОО переизбран А.Ф. Ковшарь, вице-президенты – М.В. Калякин, Л.В. Маловичко, Э.А. Рустамов, И.И. Черничко, учёный секретарь – А.В.  Белоусова. В ЦС МОО вошло 13 человек. В сентябре 2018 г. на Звенигородской биостанции МГУ, во время орнитологической конференции, посвящённой 120-летию профессора Г.П. Дементьева, прошло открытое заседание МОО, участники которого удовлетворили просьбу А.Ф. Ковшаря о сложении полномочий Президента МОО. По решению вице-президентов и ЦС МОО полномочия президента возложены на вице-президента Э.А. Рустамова.